二战后，盟国在亚太各地建立军事法庭，对实施屠杀、虐俘等战争暴行的乙丙级战犯进行审判。其中，1945年10月至1947年4月，美国在菲律宾马尼拉实施的审判因涉及“巴丹死亡行军”、马尼拉大屠杀等重大惨案而为人所知，史称马尼拉审判。日军在菲律宾最高指挥官山下奉文因此成为战后首位因“指挥官责任”被处死的日军高级将领。

日军主要罪行：对美军战俘和菲律宾平民的暴行。菲律宾自1898年美西战争后长期处于美国殖民统治之下。1941年12月，日本发动太平洋战争后随即对菲律宾展开进攻，1942年5月占领菲律宾全境。日军的占领统治破坏了菲律宾原有的经济秩序，激起强烈的反日情绪，当地民众与美军残余部队利用地理优势联合开展抗日游击活动。日军为清剿抗日武装大肆屠杀平民，实施报复性镇压，由此造成大量针对平民的战争暴行。1945年2月马尼拉战役期间，日军更是犯下令人发指的罪行，对平民实施系统性的屠杀、强奸和纵火，蓄意破坏医院、学校、宗教场所等民用设施，严重违反战争法规与国际人道法。据战后调查，共超过10万名菲律宾平民在屠杀中遇难。

美军早在莱特岛登陆战期间，便开始就菲律宾地区日军对美国人和菲律宾当地民众的战争暴行进行调查，调查结果以战争犯罪搜查班搜查官报告的形式提交至总司令部。日军投降后，美军在各地开展对战犯的抓捕行动，14万余名受降日军在战俘营接受当地民众的指认，被指定为战犯嫌疑人的官兵被集中至吕宋岛第一战俘营接受审讯。

根据驻日盟军最高司令部制定的《战犯审判条例》，马尼拉审判由美国陆军第六军司令官沃尔特・克鲁格召集军事委员会构成，被告有权自行选任辩护律师或由军事委员会任命。军事法庭无再审环节，司令官根据法务官所作事后审查书判断判决结果是否合适，量刑过重者予以适当减刑，死刑则需要得到驻日盟军最高司令官麦克阿瑟本人同意方能执行。

审判自1945年10月开始至1947年4月结束，共审理案件87起，起诉战犯237人，罪行内容大致可分为对美军战俘的暴行和对菲律宾当地平民的暴行两类，其中对当地平民的暴行占70%。此类指控往往不止停留在施暴虐待层面，被告大多涉嫌参与或指使部下杀害多人，受害者人数动辄数十甚至上百，一旦罪名成立大多量刑较重。因此，从整体判决结果上来看，马尼拉审判与横滨、上海等地的美国审判相比，有死刑率高和死刑减免率低两点突出特征。237名被告中有罪判决195人，其中91人死刑，执刑69人。

审判山下奉文与本间雅晴：“指挥官责任”原则的适用。1945年10月8日，美军在菲律宾马尼拉设立军事法庭，对原日本陆军第十四方面军司令官山下奉文提起公诉，这也是战后同盟国针对日本战犯进行的第一场公开审判。检方指控山下奉文在1944年至1945年菲律宾战役期间，身为方面军司令官未能有效约束所属部队，致使日军在马尼拉及菲律宾其他地区大规模屠杀平民、虐待战俘，实施抢掠和破坏等严重违反战争法规的行为。面对大量人证物证，山下奉文辩称在战局崩溃、通信中断的情况下自己无法实际指挥各部队，对其部下所犯罪行毫不知情，亦未下达命令。法庭驳回辩方异议，最终认定山下奉文作为菲律宾地区陆军最高指挥官负有防止及制止部队实施战争犯罪的义务，即使未直接参与犯罪，也应对部队实施的暴行承担刑事责任。1945年12月7日，法庭判处山下奉文绞刑。

1946年2月，就山下奉文案的种种分歧意见，盟军最高司令麦克阿瑟表态称“本案诉讼程序严格遵照司法制度的基本原则和理念”，“找不到任何可以减刑的事实”，批准军事委员会的审理结果和死刑判决。此后山下奉文的辩护律师又向白宫提出赦免请求，但被美国总统杜鲁门驳回。1946年2月23日凌晨，山下奉文在马尼拉以南30公里的洛斯巴尼奥斯监狱被执行绞刑。

马尼拉军事法庭审判的另外一名日军高级将领是原日本陆军第十四军司令官本间雅晴，法庭指控其任职期间麾下部队制造了骇人听闻的“巴丹死亡行军”。1942年4月，巴丹半岛的美菲联军近8万名官兵向日军投降后，被迫徒步约120公里前往吕宋岛中部的奥唐奈战俘营，途中因饥饿、疾病、殴打、枪杀和酷暑等原因造成约1万人死亡，“巴丹死亡行军”成为太平洋战争中最严重的战俘虐待事件之一。本间雅晴在庭审中辩称押送战俘的具体事务由下级部队负责，其本人既未下达虐待命令，也未预见押送过程中会发生如此严重的伤亡。然而，大量证据表明本间雅晴明知暴行发生却未加阻止，例如有证人称运输被虐待致死的战俘尸体时曾目击其在现场与日本军官交谈。检方认为，本间雅晴作为司令官对战俘的收容、运输和管理负有不可推卸的责任，其未能采取有效措施防止部下实施暴行，已构成严重失职。1946年2月11日，法庭判处本间雅晴死刑，同年4月3日在菲律宾洛斯巴尼奥斯执行枪决。

“上级命令不免责”：对日军下级将士的追责。“上级命令不免责”指不能以所犯罪行系奉上级命令为由免除被告的罪责，该原则在马尼拉审判中的意义尤为重大。马尼拉军事法庭审理的案件中半数以上是日军对当地平民的虐杀，但由于二战后期日军战事失利，且菲律宾地区抗日游击活动激烈，许多担任现场指挥官的中上级将校在战斗中死亡，导致战后站上法庭受审的多为步兵部队的下级将校和下士官。这些被告为了逃脱罪责以“服从上级命令”为理由提出抗辩，把责任全推给已经战死的上级军官。倘若这些罪行得不到严正的惩处，或仅仅因为狡辩和伪证就得以从轻发落，那么战犯审判的意义也将大打折扣。法庭在《战犯审判条例》中援用了“上级命令不免责”原则，大量中尉以下将校及下士官因为实际参与对平民的虐杀或协助施暴，被判处五年有期徒刑至死刑不等，重刑率不亚于因指挥官责任被问罪的中上级将校。

在平民虐杀案的庭审过程中，辩护律师普遍以“服从上级命令”为抗辩的重点。如导致近500名菲律宾平民惨死的“荻野案”，日军第十四军所属藤重兵团下辖的市村大队在吕宋岛内湖省以讨伐抗日游击队为由大肆屠杀当地居民，战后共有9名相关人员被马尼拉军事法庭起诉，主犯荻野顺平陆军少尉被判处死刑。法庭上，被告与辩护律师妄图编造一个去向不明的“现场指挥者”武本队长，暗示一切行动皆系该队长指挥，荻野等人只是服从上级命令。针对被告的辩护策略，检方的应对方式是把询问重点从“谁是现场指挥者”转移至“荻野实际上做了什么”，通过烦琐的询问表明即便被告不是命令下达者，但在整个屠杀行动中表现积极，实际参与并推动暴行实施，且在过程中丝毫没有道德上的挣扎。此举检证了被告在平民虐杀案中的个人作用及对暴行的态度，否定了能因“服从上级命令”酌情减刑的条件，最终促使法庭作出严厉且不失公正的判决。

马尼拉审判的深远影响。与惩处甲级战犯的东京审判相比，马尼拉审判长期以来受到的关注相对有限，通常仅因著名的山下奉文审判而为人所知，但其在国际刑法发展历史以及战后国际秩序重塑等方面，具有重要意义。

其一，推动了“指挥官责任”原则的成型。山下奉文审判不仅揭开了战后同盟国乙丙级战犯审判的序幕，更是现代国际司法实践中适用“指挥官责任”原则的重要先例，即高级军事指挥官因未能有效监督、控制所属部队而应对部下暴行承担刑事责任。这一原则后来被《日内瓦公约》附加议定书以及前南斯拉夫国际刑事法庭、卢旺达国际刑事法庭和国际刑事法院等国际司法机构广泛继承与发展，成为现代国际刑法的重要组成部分。

其二，“上级命令不免责”原则在平民屠杀暴行中的适用。在命令权责关系不明的屠杀案件中，被告往往以“执行上级命令”为借口，试图将个人行为置于军事组织体系之中，以此减轻或免除自身责任。而检方则跳出命令者和服从者的二极思维定式，把被告作为单独的犯罪主体，检证其在平民虐杀事件中的行为及作用。该原则与“指挥官责任”原则相辅相成，既实现了对各级指挥官的追责，也明确了暴行直接实施者的个人刑事责任。

其三，惩处了大量日军对菲律宾当地平民的战争暴行。战后许多盟国审判更侧重日军对欧美战俘的暴行，部分殖民宗主国主导的审判呈现出浓厚的本位主义倾向，优先为本国受害者伸张正义，忽略了殖民地本土平民的苦难与牺牲。而马尼拉审判在确保程序公正的前提下，全面追诉日军对包括华侨华人在内的菲律宾当地居民的战争暴行，体现了战后盟国严惩法西斯罪行、维护国际人道原则以及人类共同和平的精神。