一本纪实性的文学作品中出现了这样的情节：一九六六年一月某日“张春桥从身上拿出两本书来，一本是《燕山夜话》，另一本是《三家村札记》，他把两本书摔到茶几上，说……"(“文化大革命纪实系列1”《山雨欲来》)。这个细节恐怕是不符合历史真实的，首先《燕山夜话》初版本是分为五小册先后出版的，当时不可能有那么一本《燕山夜话》合集（“文革”后才有），这《三家村札记》的出现更是完全没有根据，因为一九六六年一月不可能出现《三家村札记》单行本。
那么，《三家村札记》这本当年最有名的禁书，单行本最早出版于何时呢？——是在“文革”后的一九七九年，“三家村”冤案得到平反昭雪时。《三家村札记》的单行本也于九月由人民文学出版社正式出版，印五万三千册，一般人认为这就是此书的最早的版本，其实并非如此。
原来早在一九六六年《札记》就出版过单行本。书是以北京三联书店名义出版的，封面注明“三家村札记 吴南星 内部发行”，一九六六年五月第一版第一次印刷，印数不详。扉页有“出版说明”，照录如下：
邓拓、吴晗、廖沫沙“三家村”反党反人民反社会主义的丑恶面目已暴露于光天化日之下。广大工农兵群众和革命干部、革命知识分子对“三家村”反党集团进行了义正辞严的批判。《三家村札记》是这三个反党分子化名吴南星写的一批毒草，从一九六一年十月至一九六四年七月发表于《前线》杂志，共六十七篇，现在按发表时间的先后编排，集印成册，以便大家批判。
另外，邓拓的《燕山夜话》集子中未收入的《陈绛和王耿的案件》、《鸽子就叫鸽子》、《今年的春节》三篇，也一并附在本书之后。
在内容上，这个版本和一九七九年人民文学版有一些重要的不同之处。
三联版收入《前线》半月刊发表的“札记”专栏的全部文章共六十七篇，而人民文学版只有六十五篇。原来，是三人中幸存的廖沫沙删去了他本人的两篇文章，这两篇是《历史会不会重演？》、《有“的”而后放“矢”》，作者称删节的原因是这两篇已经“不合时宜”了。其实这是多虑了，要说过时，这两篇并不比其他的更“不合时宜”，删去反而让读者觉得这样一来就不是原貌了。
三联版《札记》还比人民文学版多出上述邓拓的《燕山夜话》集子中未收入的三篇，这三篇在人民文学版中没有，在《燕山夜话》初版本中也没有。
人民文学版则比三联版多出：序（林默涵），后记（廖沫沙），附录的“一桩触目惊心的文字狱——为《三家村札记》、《燕山夜话》恢复名誉”（任文屏），“评三家村——《燕山夜话》、《三家村札记》的反动本质”（姚文元），和廖沫沙的旧体诗“哭邓拓吴晗同志”。收入姚文元的文章，可以对照来读，也是一种历史资料。这两个版本有一个相同之处是均保留了专栏刊登过、但非“三家村”所写的五篇文章，其中有李筠两篇，李文、张世绩、李光远各一篇。
从版本角度来说，三联版是此书的最早版本，也最完整，而且是“文革”时期的特殊版本，更具历史文献价值。三位作者很可能都不知道这本书的出版，邓拓肯定不知道，因为就在此书出版的同时，在精神折磨之下，他在五月十七日夜至十八日晨去世。这样的内部出版物，当年发行的范围是比较小的。“文革”期间，私人敢于保留这本书的很少，留存到现在的大概不多了。我的藏本得自冷摊，盖有“文学研究所藏书”篆书方印，字却是黑色的。
