“教育与宗教相分离”，是近现代教育制度发展的必然趋势。新中国成立后，政府将教会学校的教育权全部收归国有，建立新型的现代教育制度，宗教完全退出国民教育体系。然而，近些年来，社会上的“宗教热”渗透到大学校园，“教育与宗教相分离”的原则受到公开挑战。
随着各种宗教传教事业大量资助宗教研究，“精心呵护”宗教的学术倾向逐渐增强。还有一些人士极力推崇基督教文化，将其诠释为“道德的源泉”、“民主的根基”甚至是“科学的前提”。海外基督教右翼势力的“合法渗透”，主要形式是“文化交流”、“学术研究”。他们通过教育系统和研究机构，以学术研究的名义进行传教活动，在青年知识分子中宣传基督教优秀论，将西方近现代文明归功于宗教信仰，诋毁中国的传统文化，贬低社会主义核心价值观。
宗教在高等院校的传教活动逐渐由秘密转向公开，特别是基督教汉语神学运动，进入大学讲堂和国家研究机构。在当代中国大学校园里，海外基督教势力成为传播福音的主要力量之一。一些权威人士大力倡导构建“文化神学”、“学术神学”，并积极推动其成为国家研究机构和高等院校的学术方向。这种思潮已经开始影响政策制定和舆论导向。
校园基督教传播的隐性方式是进入教学领域，进行文化宣教。在大学讲坛上，有些教师罔顾宗教赖以产生的社会历史基础、宗教的有神论本质，片面强调科学的局限与宗教的优长，忽视马克思主义与科学无神论的教育，不利于学生客观理性认识宗教问题。有些教师在授课过程中带有某种宗教倾向性。例如，在一门关于基督教概论的通选课中，某位教师强调“宗教不仅是一种信仰、一种价值观、一种生活方式本身，更是一种文化、一种人类对世界乃至自身的理解和解说方式”，甚至是“一种人类内在的精神特质”，将基督教鼓吹为“西方世界社会群体的美善之源和精神之基”。
在正式课程之外，海外宗教组织的奖励资助在高校也颇为盛行，加剧了高校教学过程中宗教因素的影响。北京一所著名高校聘请外国神学家长期开课，讲授《圣经》。一些海外传教士以教授的身份登上大学讲台，宣讲神学，组织出版传教著作。
自2002年以来，在约翰·邓普顿基金资助下，北京大学等著名高校连续举办“科学与宗教”系列讲座。2004年，第十届中美哲学与宗教学研讨会在北京大学举办，美国当代神学家普兰丁格教授作了题为“进化与设计”的报告，以“智能设计论”批判达尔文的“进化论”。2007年，北京大学宗教学文库之一《科学与宗教的对话》一书，由北京大学出版社出版。该书汇集了四位海外基督教学者在武汉大学的演讲。他们利用“基督教信仰三个传统——罗马天主教、东正教和新教”中“丰富的基督教信念”，向中国青年学子说明：“上帝创造了物理规律”，“宗教信念可以为科学发展提供哲学基础”。这种“科学与宗教”的系列讲座，在很多高校持续地举办，并陆续出版各种演讲集。它在高等院校产生的影响值得深入调查研究。
