管惟炎没想到自己会突然间被免去科大校长职务，尽管他有过这方面的心理准备。1987年1月12日，当管惟炎一早被召至先天已到合肥并听取了学校汇报的北京工作组下榻地谈话，工作组向他首先宣布新的校长任命时，管一时反应不及，以为学校有了两个校长。但接下来的中央免去管惟炎校长职务的决定，让他才意识到是怎么回事。不过，随即他反倒感到获得了一种如释重负的轻松。因为，上任之初，他就预想过作为校长的两种可能，要么被学生轰下台，要么被上面免去职务，他说，如在两者之间选择，他情愿选择后者。结果这一天终于来临，但来得这么突然，这么快，却是出其意料之外。
管惟炎是1984年9月以中科院物理研究所所长身份出任科大校长职务的，迄至免职，不到五年任期的一半。在这一半任期也就是两年半的时间里，这位享有国际声誉的著名低温物理学家，秉持蔡元培长校北大时所主张的大学精神，提出“兼容并蓄，民主办学”的方针，推行教育民主改革，倡导学术自由风气，把科大办得风生水起，使学校面貌焕然一新。
校长负责制下的教授治校、学生自治和提高知识分子待遇，是科大教育改革的主要内容。这样的改革举措，除去第三点，放在二十年后的今天，对那些尚不失正义理想的高校人来说恐怕都是揣在怀里的梦想。它在当年的科大实行了，实行得有板有眼，有声有色，引起的社会反响，《人民日报》连发五篇文章给予报道称赞，可见一斑。科大一时名满天下，但谤亦随之。
科大的改革首先招致教育部长何东昌的不满。教育部和中科院向有门户之见。科大为中科院直属院校，教育业务上得听从教育部指导。科大经中科院和安徽省委（科大校址在合肥）同意而试行的校长负责制，何东昌没有点头，学校取消政治辅导员制度以及何东昌提倡的思想品德科目更惹其不满。改革本来就是打破陋规另立新矩，但科大的改革在何部长眼中横竖就是不顺，以至于见到《人民日报》报道科大改革的文章，禁不住出声大骂，怎么不表扬清华，表扬科大？何出身清华。何部长对科大不满，科大学生用“科大是何东昌的眼中钉、肉中刺”来表达对何部长的不满。有这样的一位教育部长，科大的改革想继续走远，像是天方夜谭。
教育部的反对是导致管惟炎改革夭折的一种外部压力，中科院的人事纠葛则是引起管惟炎下台的内部原因。管惟炎上任之始因班子人选取舍问题而得罪谷羽，埋下日后不顺的隐患。在中科院党组讨论的副校长人选中，方励之和包忠谋二人引起争议，其中就有谷羽提出反对意见，要从科大校外推荐另外自己的人选。尽管谷羽只是中科院顾问身份而不是党组成员，但因其深厚背景，她的话中科院不敢不听。中科院举棋不定，将矛盾下放，认为既然管惟炎当校长，就交由管最后决定取舍。管惟炎亲往合肥科大私下进行了一番打探，了解到方和忠的群众反映都不错，一锤定音，两人都用，由是得罪谷羽。谷羽何人？政治局委员胡乔木夫人。
其后不久，谷羽造访科大，有人提醒管惟炎，说谷羽以前来过，架子很大，要管到火车站去迎接，不然她会有意见。管不以为然，说：人家是延安老干部，革命老传统，哪会讲什么排场，而且中央不是刚刚发了文，邓小平到各地视察都不要接，谷羽为什么要接。正好当天管有事，就派人把谷羽接到合肥最好的宾馆稻香楼，谷羽流露不满，说科大新来的校长架子真大。
管惟炎与谷羽发生正面冲突，结下矛盾，是在科大同步辐射加速器项目建设去留的问题上。谷羽担任该项目领导小组组长，一番出国考察归来，向中科院呈报转中央要求砍掉该项目，此事未经领导小组讨论，小组成员又是具体项目单位的管惟炎被蒙在鼓里。为建这个加速器，科大已做了十多年的前期研究准备，投入了大量的人力物力，当初召开数百人的论证会上，国家科委主任方毅甚至说出当掉裤子也要建起加速器这样表示支持的鼓舞话。如此重大的事情，说砍就砍，而且这边正干得热火朝天，那边却釜底抽薪悄不做声。管惟炎获得消息时，又惊又气，迅急赶赴京城，向有关领导大力申述，甚至电话直接打到正在开会的中科院党组书记严东升，直言批评严书记在报告上签字是不讲原则，不负责任，如此，保住了这一项目。在科学院年终总结大会上，管惟炎端出此事，当着谷羽，义正辞严提出批评，同时又指出，此事反映给主管科大的副院长周光召，却不了了之。
管惟炎冒犯领导与权势，与其说是不谙官场规则而触犯禁忌，更应认为是不愿谙官场规则而坚持本色，维护正义。管惟炎是性情中人，不是官场中人，他是一位真正的科学家，纯粹的大学校长。如此，他领导的改革毁誉参半，乃至半途夭折也就具有了某种注定的宿命意味。
当然，管惟炎最后被解除职务，除去上面诸种因素，最直接或主要的原因，是因方励之而起的所谓的“自由化”。方是管的副手，却名气要大。管惟炎对方励之有一个基本评价，认为方处事客观公正，是一个透明的人，不需要对他有任何戒心，与他讨论问题可以直截了当，他很坦然，不记恨不记仇，没有政治野心，而且看问题看得很清，敢于直言。一般单位一、二把手之间存在的戒备恐惧，管、方之间没有，有的是互相信任与配合默契。在学生中方励之也很受欢迎。
问题是，管校长认可的和受到学生欢迎的，管理校长的不认可、不欢迎，矛盾以及由矛盾发展而成的历史冲突由此而生。
方励之以鼓吹民主、放言无忌而闻名。他在演讲会上公开批评北京市副市长张百发冒充物理学家到美国参加学术研讨会，借机旅游购物，惹恼张百发；在《科学》杂志上发表学术文章，批判胡乔木的哲学观点，激怒胡乔木；甚至直言“最近邓小平提出中国式社会主义，我觉得这个中国式是空洞的口号，没有内容”。
方言传至中央高层，主持中央书记处日常工作的胡启立作出批示，方励之应当退党。安徽省委于是找方谈话，作为“劝方退党”的前奏。由于科大领导班子成员是经过中央书记处讨论的，省委的谈话就比较客气，没有透露中央指示具体内容，也就没有引起方的高度重视。只是原定访美的计划因此被中科院取消，方励之感到郁闷。随后，方再接通知中纪委常务书记王鹤寿要找其谈话，却第二天谈话又告取消。方励之有些莫名其妙。方励之回到北京，受到胡启立召见。胡、方同是北大人，50年代在北大时就认识。胡启立对方励之委婉地进行了一番批评，表示中央注意到了方所谈的一些问题，只是不容易很快都解决，希望方不要着急，需要耐心，并说中央是信任方的。方励之就机提出出国一事，胡表示没有问题。胡启立表态，中科院转弯，同意方励之访美无碍。
方励之如此一波三折、化险为夷，原来是“劝方退党”的批示，被总书记胡耀邦阅后又作批示：不能贸然劝人退党，至少要教育三次。这是1985年年底的事情。
管惟炎由此得出一个判断：“共产党是讲理的”，“十一届三中全会，邓小平复出以后，是我们党内政治生活最健康时期。” 这一判断成为管惟炎经常挂在嘴上的口头禅。方励之大胆直言，自是率性而为，管惟炎的口头禅，也不无有所影响。管惟炎后来觉悟道：“这就是我最天真的地方。”
管惟炎这样级别的大学校长如此，遑论一般升斗百姓。政治在中国一向是高层内部改革与保守两股力量相互角力、此起彼伏的反映，因其为内部角逐与斗争，对一般社会总是高深莫测，不知所以。只有在斗争的一方取得压倒性胜利，内部矛盾获得暂时缓和，而公布胜利成果时，人们才如梦初醒，恍然觉悟，原来如此。
一年之后，也就是1986年11月，方励之等为纪念反右二十周年拟开一个研讨会，向当年的著名右派发出邀请函，被人认为“是中国的瓦文萨”和“政治野心家”而告至邓小平处，邓勃然大怒，即召胡耀邦、赵紫阳、胡启立及何东昌等谈话，尖锐指出，方励之这种人不是劝其退党的问题，而是开除党籍的问题。邓一言九鼎，情势急转直下。方励之有问题，方励之的背后又被认为站立的是管惟炎，所以，管、方同流合污，沆瀣一气，一同落难，几难免矣。
而此期间，万里到访、调研科大，座谈会上与方励之的一番精彩对话，不幸遭人误读和歪曲。万里对方励之说，社会上流言，现在什么物价都长，就是胡耀邦的个子不长，人们连总书记都可以批评了，这不是已经给了你们民主自由吗？方励之答道：“民主不是上面给我们的，应该是我们下面争取的。”万里接即说，我说的给是指宪法，宪法赋予人民民主的权利。这节对话一方面民运人士误认为方励之受到打压，另一方面方励之的观点则被改造为“有些人认为民主要用激烈的手段，自下而上地争取”，见诸《人民日报》社论。在山雨欲来风满楼之际，这无疑是釜底加薪，火上添油。
就在此时，学潮发生。八十年代是改革勃发的年代，也是学潮迭起的年代。1985年全国共有五十多起大学闹事，平均每周一次，校长们常被推至风口浪尖。而这一期间的科大却安然无事，这或许与学生可以自由集会结社，校园有多达几十种不同的小报可供发表言论有关，用管校长的话：“上面很开明以后，学生反而不会提出非分的要求”。可是到了1986年的12月，科大校园还是出现了学潮。导火线是选举区人大代表，学校8个候选名额，按惯例安排给了6名教师、2名学生作为候选人。学生不满，认为是指定候选人，不民主。在学校接受意见，取消了原来的8名候选人，大家重新提名，选举候选人之后，学生认为虽然学校这样做已是民主，但全国还不民主，坚持要走向街头宣传民主。
学潮在中国历史上屡有发生，胡适和周策纵对此有一个大致相同的看法，认为君主政体下没有真正的立法机构或代议制度，在政治不能满人意时，受过教育的青年学生就要出头设法表达自己。管惟炎大概也持同样的态度，说服、劝阻学生无效之后，让其上街，认为只要不给刺激，上一两次街后，还能干啥。事实确实如此，学生上街之后，也就平静了下来。
不意10多天之后，科大学潮再起。原来上海高校抗议警察殴打学生而围坐市政府，为声援上海，科大学生第二次走向街头，静坐市政府广场。管惟炎自己曾是学运出身，知道学生的心理和要求，对学潮的妥善处理心中大致有数。遂对省委建议不要采取行政措施，由学校出面做劝说工作。管惟炎带领老师赶到现场：
学生领袖和一部分学生已经占据了市府大楼的东边。市府负责人还留在西边。形成对持僵局。管惟炎和我穿梭于东西之间，传话、沟通、说服、谈判。经过两个多小时的调解，学生和安徽当局终于达到妥协：1、合肥市府将科大学生的抗议转达上海当局；2、科大学生结束静坐。市府负责人和学生领袖都要求管惟炎和我向学生宣布这一结果。当时广场上仍是一派激情场面，口号声，呼喊声此起彼伏。然而，当管惟炎和我简短宣布了双方的妥协结果，呼吁“请大家返校”后，上千静坐的学生竟齐刷刷地同时站起，一致地、慢慢地向学校方向退去。“危机”化解了，时间已是24日的凌晨。这是管惟炎和我的共事的两年多中，最艰难而兴奋的一夜。（方励之：“忆管惟炎教授”）
没有出动一个警察，就平息了事态发展，当地政府喜出望外，对学校通报称赞有加。学校在随后的圣诞之夜举办了师生大联欢，管惟炎亲自出席。在西方节日公开举办晚会，这在中国大陆是第一次。
就在管惟炎如释重负，以为学生重返书桌，学潮退去，校园平静，而将注意力转向他处时，蓄势已久的权威终于发威。
于是就出现了本文开头管惟炎被免职的一幕。免职决定宣布之后，中科院副院长周光召接续批评管惟炎，身为校长，对科大带头，引发全国学潮，负有不可推卸的责任。管回答说，在此之前，从未听到任何一个分管科大的，说科大办学有什么问题，从来没有人提醒过我们，《人民日报》表扬我们，省委也通报表扬我们，没有人说我们有问题，顶多说方励之有问题，所以，你们也有责任，只是你们的责任是可以推卸的，而我是不可推卸的责任。
当天上午，全校职员被召集到省委礼堂，听取传达，介绍新校长时，全场一千多人竟无掌声。随后教师衔命回校，分班向学生传达，并附加收集整理的方励之演讲发言，作为反动言论宣布。方励之平时都是应邀在外校发表演讲，其言论科大学生并不清楚，结果出现这样的情景：每当台上宣读一条反动言论，台下学生就鼓掌一次，消毒反而成了扩散毒素。
听完传达，学生们情绪激动，反应强烈，汇集于校园，准备游行。学校关闭了大门，当局也早已派出大量便衣，围守校园，场面对峙，十分激烈。一名右派出身的教师，站在高处，声泪俱下，以十多年右派下放的切身经历，泣求学生放弃游行举动。接下来的几天，同学们络绎不绝地来到管校长宿舍请求签名留念，管均以“努力读书报国有门”八字相赠。由于签名的太多，排队太长，有人建议改为在操场上集体签名，以示支持校长。校园还挂出了大幅标语“管校长和方副校长永远是我们的校长”。
1月16日，管惟炎离开科大返回北京，学生闻讯，互相传告到火车站送行，不少人为此把买好的寒假返家的车票都退了。学校和教育部生怕学生闹事，改用小车将管惟炎送到蚌埠，再换乘另一趟列车，不仅合肥的学生送别不成，连北京准备接站的学生也迎人不到。当天合肥车站戒备森严，学生不让进站，尽管如此，还是有人混进了月台，捧着花到处寻找管校长，最后还是托请回北京的人，把花转交给了管校长。而北京接站的学生，同样捧着花束迎人不至，怅然而归。
就在这一天，也就是管惟炎被免职后的第四天，离开科大的同一天，中共中央总书记胡耀邦辞职下台。
