一般说来，行政权具有较为明显的上令下从或依附的性质。因为行政官员在进行行政管理时都必须服从其行政主管的命令或指挥；下级行政机构也必须接受其上级行政机构的指令；在从事行政管理活动时，行政官员也不具有不可替代性，而是可以随时更换的。显然，无论是单个行政官员还是行政机构整体，在行使权力时都不具有较强的独立性。与此相反，司法权在组织方面的最大特征就是独立自主性。无论是司法机构还是司法官员，在从事司法裁判活动时都必须在证据采纳、事实认定以及法律适用等方面保持独立自主性，不受来自司法机构外部或内部的任何压力、障碍或影响。
在不少思想家的经典论述中，司法独立被视为司法权在现代宪政体制下所赖以存在的基石。孟德斯鸠曾就此警告到：
“如果司法权不与立法权和行政权分立，自由也就不存在了。如果司法权与立法权合而为一，则将是对公民的生命和自由施行专断的权力，因为法官就是立法者。如果司法权与行政权合而为一，法官便将握有压迫者的力量。”
拉德布鲁赫尤其强调司法独立于行政的重要性：
“行政是国家利益的代表，司法则是权利的庇护者，同一官署忽而忙于维护国家利益，忽而又将国家利益弃置一边，忙于维护正义，显然极不协调”；“司法不仅不能与行政共存于同一机关中，而且也不可以隶属于行政:司法不依赖于行政！司法的任务是通过其判决确定是非曲直，判决为一种‘认识’，不容许在是非真假上用命令插手干预。‘学术自由’被用于实际的法律科学时，即成为‘法官的独立性’。”
司法独立之所以得到较多的强调，是因为司法机构在进行司法裁判活动时极容易受到其他国家机构的干预，同时也是因为法官很难摆脱外部对其职业所施加的影响和控制 。按照美国政治家汉密尔顿的观点，
“行政部门不仅具有荣誉、地位的分配权，而且执掌社会的武力。立法机关不仅掌握财权，且制定公民权利义务的准则，与此相反，司法部门既无军权、又无财权，不能支配社会的力量与财富，不能采取任何主动的行动。故可正确断言：司法部门既无强制、又无意志，而只有判断；而且为实施其判断亦需借助于行政部门的力量。”
汉密尔顿的结论是：
“司法机关为分立的三权中最弱的一个，与其他二者不可比拟。司法部门绝对无从成功地反对其他两个部门；故应要求使它能以自保，免受其他两方面的侵犯”。
另一方面，法官在任职期间和薪俸等方面一旦不能得到适当的保证，他所行使的司法权就有可能操纵在控制者之手。在汉密尔顿看来，
“短期任职的法官，不论如何任命或由谁任命，均将在一些方面使其独立精神受到影响”，因为“如任命权在行政，或者立法机关，则使法官有俯首听命于拥有任命权的某一部门的危险”；“如由双方任命，则可产生不愿触犯任何一方的情绪”；“如由人民选举法官，或由人民选出的专门选举人任命，则可产生过于迁就民意，影响其唯以宪法与法律的规定为准则、执法不阿的态度”。
与此同时，如果法官的薪俸被控制在立法、行政或者其他机构手里，司法独立也将遭受严重威胁。因为
“就人类天性之一般情况而言，对某人的生活有控制权，等于对其意志有控制权。在任何置司法人员的财源于立法机关的不时施舍之下的制度中，司法权与立法权的分立将永远无从实现”。
可以说，法官的薪俸固定与任职固定被视为最有助于维护法官独立的两项制度保证。
显然，司法权因相对弱小且法官极易受到外部控制而使其独立性得到强调，但是，这种独立绝不意味着法官可以不受任何制衡甚至恣意妄为。事实上，无论在哪个社会里，司法独立都不是绝对的，而只是意味着司法权“相对于哪些人、哪些机构保持独立的问题”。换言之，只要社会中存在着使司法权受到不正当控制、干预、影响的力量或权威，司法独立就将是该社会不可回避的司法目标，该司法制度将面临着如何克服这些既有的控制、干预、影响的问题。在这一问题上，笔者不赞成那种以司法独立在任何社会中都难以完全得到实现为由，否定这一原则的价值的观点。因为美国、英国等西方国家法官所受到的来自社会各个方面的干预和控制，虽能说明这些国家在维护司法独立方面所存在的一些问题，也能证明司法独立极难以在一个即使已经建立法治秩序的社会里得到完美无暇的保障，但是，这一事实并不能否定维护司法独立在中国的极端重要性。如果说西方社会所面临的或许是如何解决司法独立在今天所面临的挑战的话，那么中国所面临的则是如何确立最低限度的司法独立标准的问题。另一方面，在司法权出现严重的行政化、官僚化甚至地方化的情况下，如何使司法机构摆脱来自行政机构、地方政府、新闻传媒、立法机构甚至各级“党政干部”的非法干预和控制，是中国今日的司法制度所面临的一个极为严峻的问题。的确，在此时此地谈论司法独立问题可能有些奢侈和不切实际。但惟其如此，维护司法独立才显得尤其具有紧迫性和必要性。需要注意的是，司法独立在一个目前所面临的现实困境，丝毫不能证明司法依附只能是该社会司法制度的必要选择。现实中所存在的制度实践尽管具有其各方面的成因，似乎从这一角度上看，“存在的就是合理的”。但是，“存在的”却未必是人道的、文明的、公正的和符合人性基本要求的，甚至可能是极其野蛮的、残酷的、专横的，或者至少是不科学的。进行司法制度的重建，与进行其他方面的法律改革一样，对一些不正当的制度或实践不仅不能迁就和容忍，而且还应在明确基本理论基础的前提下，进行必要的制度改造。
当然，作为一个宪政原则，司法独立与国家的政治体制和结构有着密切的联系；而作为一项司法诉讼原则，司法独立又是与国家的法院体制甚至司法组织形式不可分立的。这就使得独立性较之司法权的其他特性而言，具有更加明显的复杂性。人们似乎很难为各个具有不同政治、社会和文化背景的国家，确立一个普遍适用的司法独立标准。不过，鉴于司法独立在不同的社会都会面临一些共同的威胁，司法机构在行使司法裁判权时也通常会受到一些大体上相同的干预，因此，我们仍有可能为司法独立确立若干项依稀可辨的要素或标准。
在笔者看来，司法独立的核心是裁判者在进行司法裁判过程中，只能服从法律的要求及其良心的命令，而不受任何来自法院内部或者外部的影响、干预或控制。这里的裁判者是指代表某一司法机构行使司法权的个人或者组织，它可以是个体法官，也可以是由若干名法官组成的法庭，还可以是由法官或非法律职业人士组成的陪审团等。裁判者要做到独立行使司法权，就必须严格依据法律的规定设立并履行裁判职能，即依照程序法的规定进行裁判活动，根据实体法的规定对案件制作裁判结论。这一司法独立的核心要求，又可以称为裁判者的“职能独立”或者“实质独立”。
司法独立的核心含义固然是比较明晰的，但是要确保裁判者独立行使司法裁判权，从而实现司法独立的目标，就必须建立起一个必要的制度保障机制。这后一点恰恰是最为困难，也是争议最大的一个问题。在以前的研究中，笔者曾提出并分析过司法独立的四项要素，其中的后三项要素是“法官的身份独立”、“法院的整体独立”和“法院的内部独立” 。司法独立的保障机制实际就是围绕着这三项要素而建立起来的。当然，也有学者对司法独立作出过不同的归纳。如有人将司法独立的要素视为对当事人的独立、职能的独立、机构的独立和内部的独立等四项 ，有人则将司法独立视为司法权的独立、司法主体的独立、司法行为的独立和司法责任的独立等要素的混合体 ，还有人将司法独立分为外部独立和内部独立两个基本层面 。
尽管存在较大的分歧和争议，但学者们基本可以达成共识的是，司法独立不仅仅是指法院的独立，还应当包括法官个人的独立以及法院内部的独立。否则，如果像大量法学教科书所宣称的那样，仅仅将司法独立等同于法院独立的话，那么司法独立就会流于宣言或者口号。对于这一点，汉密尔顿早在18世纪末就已经作出过极为精辟的分析和解释。在笔者看来，基于司法权的独立性容易受到来自法院之外、之内两个方面的威胁，也基于法官个人在任职条件方面极容易受到控制的现实，司法独立的保障机制大体上可以包括以下六个层面的内容：一是法院的整体独立或外部独立，二是法院的内部独立，三是法官的身份独立，四是法官的职业特权，五是法官的职业伦理准则，六是法官的高度职业化。 受篇幅所限，本文不可能全面、系统地分析这些问题。以下仅仅对这六个方面作一简要解释。
所谓“法院的整体独立”，是指法院无论在司法裁判还是在司法行政管理方面，都独立于法院之外的机构、组织和个人，不受外部力量或权威的控制和干预。考虑到法院的司法裁判和司法行政管理活动极其容易受到其他国家权力机构的控制和干预，因此法院必须首先独立于行政机构和立法机构；又鉴于法院的司法裁判活动也可能受到新闻传媒、大众舆论等方面的不当影响，因此，法律必须建立可使法院摆脱传媒和舆论影响甚至控制的制度机制。这些在目前的中国显然是存在不少问题的。
“法院的内部独立”是指法官进行司法裁判活动过程中独立于其同事以及上级法院的法官。法院内部在保障法官独立裁判方面如果存在制度上的瑕疵，法官就可能受到其他法官、法院司法行政首脑以及上级法官的控制。这同样会危及司法独立，使得法官在司法裁判方面依附于本法院的院长、庭长、审判委员会，甚至受制于上级法院。这种内部独立在中国显然是存在问题的。
司法独立的第三项制度保障是“法官的身份独立”。也就是法官的任职期间和任职条件应得到特殊的充分保障。如果法官的任职期间不固定、定期轮换或较为短暂，或者法官在薪俸、晋升、调转、惩戒等方面完全受制于某一机构、组织或者个人，甚至直接受到法行政首脑的控制，那么法官就不可能从容不迫地依法独立进行裁判活动，而会出现职业服从甚至人身依附现象。这在中国存在的问题尤为明显。
司法独立的第四项制度保障是确立一系列的“法官的职业特权”，使法官为履行司法裁判职能享有特殊的职业保障。确立这些特权的目的在于，使法官在行使司法权方面免受一系列的指控、追究、评论，从而为法官独立进行裁判活动创造必要的安全氛围。例如，法官在司法裁判过程中所发表的言论不受刑事或者民事指控；法官正在对案件进行的审理情况不受外部评论；法官对案件进行的审理和所作的裁判结论不得被列入议会的讨论日程，等等。这些特权在中国还基本上没有确立。
第五，需要建立较为完善的“法官的职业伦理准则”。如果说法官的职业特权可以使其拥有一些特殊保障的话，那么职业伦理准则的建立则使法官的行为受到必要的限制，以促使其免受一些不正当的影响，从而独立从事司法裁判活动。例如在一些法治国家，法官一般被禁止参与政治活动，不能在政府甚至议会担任职务，不能过多或者过于积极地参加社会活动，不能从事商业经营活动，不能担任开业律师，不能从事一些可能有损其职业尊严和法官形象的活动。这种行为准则在中国也没能完整地建立起来。
当然，与司法权的独立性相伴随的是法官的高度职业化。实际上，高度独立自主的司法权需要有具备较高法律素养的职业法官。否则，将司法权置于法律素质低下的法官手里，司法裁判活动就可能面临责难性的后果。
相对于行政官员而言，司法裁判者的职业化显得尤为重要。这首先是因为行政活动更多地强调上下级之间的依附性和上令下从性，而司法裁判活动则强调裁判者的独立自主性，独立的法官如果不是司法裁判领域的专家，就可能造成人为的司法不公。与此同时，只有形成裁判者的职业化，才有可能在法官之中形成特有的职业传统，而这种职业传统反过来又会成为一种强大的力量，确保法官阶层具有抵御外界干预的勇气和能力。考虑到司法权的行使不仅直接涉及对个人权益的判定，而且为法律得到现实实现的关键途径，因此，职业化还可以确保法官具有较高的法律素养和较深的法律功底，从而能够更好地完成司法裁判的使命。
根据中国宪法、法院组织法和刑事诉讼法的规定，人民法院依照法律独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。这一所谓的“独立行使职权原则”，显示出立法者对独立审判理念的确认和重视。按照较为权威的解释，中国的审判独立主要是指法院作为一个整体独立于行政机关、社会团体和个人。至于具体负责审判案件的法官和陪审员，则不被认为在审判案件方面具有独立自主性。不过，法院的整体独立不仅在司法实践中难以得到切实的保证，而且即使在法律上也并没有建立起最起码的程序保障机制。而法官个体的独立作为一个问题，在近年以来逐渐被提了出来，并在新近通过的法律中得到一定的体现。
１９９５年由中国立法机关通过的“法官法”，首次对法官的职责、权利、义务、资格、任免、任职回避、等级、考核、培训、奖励、惩戒、工资福利、免职、退休等涉及法官任职条件和保障的事项，作出了规定。其中值得注意的规定有：
非经法定事由、非经法定程序，不被免职、降职、辞退或者处分（第８条）；
法官不得兼任人民代表大会常务委员会的组成人员，不得兼任行政机关、检察机关以及企业、事业单位的职务，不得兼任律师（第14条）；
法官的等级编制、评定和晋升办法，由国家另行规定（第１８条）；
法官的工资制度和工资标准，根据审判工作特点，由国家规定（第３４条）；
法官实行定期增资制度，并享受国家规定的审判津贴、地区津贴、其他津贴以及保险、福利待遇（第３５、３６条）；
法官的退休制度，根据审判工作特点，由国家另行规定，法官退休后享受国家规定的养老保险金和其他待遇（第４０、４１条）……
这些规定尽管不具有较强的可操作性，在司法实践中也并没有得到实际的贯彻实行，但它们显示出立法者对待审判独立的态度已经从长期以来的法院独立开始向法官独立进行转化。无论如何，让法官在任职资格、等级、奖惩等方面具有与一般公务员不同的条件，并使之在工资福利、退休等方面享有一定的特殊待遇，这是法官独立审判的最基本的制度保障。
在法官法之后，１９９６年修正后的刑事诉讼法继续对法官独立审判作出了新的保障。在这一法律修正前后的时间里，立法者、司法界和法学界几乎普遍认识到司法实践中存在着严重的判、审分离的问题，也就是合议庭“审而不判”、审判委员会“判而不审”甚至“先定后审”的现象。审判委员会作为法院内部对审判工作进行集体领导的审判组织，其活动带有较强的行政会议的色彩；它通过听取案件承办人的汇报而对案件进行讨论，并作出最后的决定，而这一决定可以推翻合议庭的评议结果，从而成为实际的权威裁判结论。针对这一点，现行刑事诉讼法明确规定，“合议庭开庭审理并且评议后，应当作出判决”。该法还将审判委员会讨论的案件限制在“重大、疑难、复杂”的范围之内，使合议庭对“一般案件”拥有具有独立自主的裁判权。这种就审判委员会与合议庭的关系所作的新的规定，显然可以使法官个人更有可能进行独立自主的审判，也为以后的司法改革创造了条件。
应当说，无论是法院的整体独立，还是法官的个体独立，在中国的司法制度中都还处于持续的变化之中。或许随着人们法律价值观念的转变和司法改革思路的明晰，审判独立的制度保障还会得到进一步的强化。但是，这并不妨碍我们认识审判独立在中国目前所面临的困境。因为审判独立作为一项法律原则，在中国法律中并没有较为完备的制度保障。就连政治家和立法者所津津乐道的“法院独立”，在司法实践中也存在着较为严重的缺陷和问题。事实上，法院在依附、屈从于行政机关、立法机关、社会团体甚至个别特权人物的情况下，不可能有真正的审判独立。被告人既然不能由一个独立的法庭进行审判，那么其诉讼权利和实体性权利都将被操纵在法庭之外的权威力量手中，而根本得不到实际的保障。一句话，法庭审判不能独立进行，被告人的权利保障就是一句空话。以下的论述将就审判独立在中国的困境作一分析。
