１９３３年以后，邱会作担任红军总供给部机要统计员和政治指导员、机关党支部书记，掌握红军全部人员、兵力、枪支、马匹、军械、弹药、粮秣的统计数字，上级是总供给部部长兼政委叶季壮。

１９３４年６月初的一天早上，叶通知邱去接受一项特殊任务，周恩来要亲自交待。周见面第一句话就说：“啊，你就是邱会作，名字我早知道了。在我们家乡，不满二十岁的人还叫小孩。你现在就参加处理红军战略上的大事，这叫‘小人办大事呀’！”当年邱会作１９岁。周恩来交代任务说：“我们可能同国民党军队在苏区的中心打仗，事先得有必要的准备。你去完成一项特殊任务，把几处兵工厂、药品材料厂和几个仓库一律炸毁。另外，要把大量的浮财埋掉。几个仓库里的东西，可以迅速分散，分散不了就毁了。东西要处理得干干净净。你们要绝对保密，无论如何不能让当地人和厂里的工人察觉我们的意图。要是知道了，传出去了，就会对根据地军民的士气引起动摇，于当前的斗争十分不利。你们对兵工厂的处理可能会比较困难，最好采取夜间行动。这是一项苏维埃国家最高机密的工作，如有泄密，军法不容。”

邱会作按照命令，迅速处理了水头寨的仓库物资、桥头镇的大型弹药库和江面镇的红军兵工厂，和叶季壮一起向周恩来汇报。周恩来赞扬：“你说得很好，很简明，要点也突出。我知道了你们出色的工作。这么一项复杂的事，被你这么顺利地完成了，不容易呀！你还这样年轻，思维能力很强，大有前途！今后你要下功夫学，让你的文化与你的思维能力能够成正比例发展就好了。我今天算是给你下了一个学习文化的任务，下次再见面我就要考你了。”当时，邱会作把自己钉的本子送到周恩来面前，请他写几句话。周恩来拿起笔写了：“诚实、勤奋。周恩来，一九三四年八月。”

邱会作完成特殊任务之后，没想到一场大祸就要临头。过了一个多月，１９３４年１０月初，长征就要开始了。他发现国家保卫局派来的特派员表情很蹊跷，一直死死地盯着他，上厕所也一步不离。因为邱知道红军的全部实力和红军准备退出中央苏区的机密，怕他开小差，于是决定将他彻底“保密”，只要保卫局的死刑命令一到，行刑队就动手。一天黄昏，突然冲进来几个人，把邱绑了，国家政治保卫局执行部部长张炎和展示了邓发签署的处决手令。邱连喊冤枉，但没有用。凑巧在押解执行的路上，周恩来、邓发、叶季壮三人骑马迎头而来，叶季壮见状大吃一惊，立即问周恩来，周恩来也有些惊愕，但没有说话，只是面向邓发，邓发向周恩来挤挤眼睛，示意是按老规矩办。邱会作则死死地盯着周恩来。周恩来略加思考，对邓发说：“他还是个孩子！交给叶季壮带回去吧。”邱被松了绑，跟在叶季壮马后，跑回供给部。叶季壮又给周恩来打电话，埋怨杀人连个招呼都不打。一会儿周恩来打来电话，要叶季壮和邱会作立即到他那里去。到了周那里，看见张炎和也在。邱没有进去。过了一小会儿，叶季壮和张炎和出来了。周恩来看见邱会作，握了握他的手说，决定免他一死，还要特别保护，带着一起长征。并交待，对曾想处决的事要绝对保密。

１９３６年军委总供给部驻在延长永坪，邱会作任粮秣处长，同周恩来住在一个大院里，李克农、邓发等人也在一起。几个人在周恩来办公的大炕上看报聊天，一次无意中谈到了瑞金的生活，李克农问邓发：“长征临出发之前，你为什么要把邱会作抓住杀掉，难道就因为他多知道了些机密吗？要不是周副主席，阎王那里就多了一个鬼。”邓发略有羞愧地说：“那件事的起因你都知道，幸好没有造成千古之恨！”周恩来为邓发开脱：“离开江西之前，杀了一些不应该杀的人，当时我们都有责任。没有杀了他，是叶季壮坚决不同意，否则要等到杀掉之后才汇报上来，那就晚了。现在大家对乱杀人的事很痛恨，这是我们党一个最为惨痛的教训。”后来在延安，周恩来对邱提起这件事：“你当时直盯盯的眼睛望着我，给我的印象很深！”

邱会作晚年完成的回忆录记载了此事。他感慨：叶季壮一个争辩，周恩来一道命令，把我的脑袋保留下来了！让我多活了七十年。

值得庆幸的是，在今天，尊重生命，以人为本，终于成为中国社会的主流价值。