明末知名的天主教徒孙元化(历官至登莱巡抚)，曾在家中见到一条两头蛇。孙元化为此口占一诗曰： 吾闻两头蛇，其怪不可弭。昔贤对之泣，而吾反独喜。喜者意云何？以我行藏似。蜿蜒不留停，奔赴孰趋使？当南更之北，欲进掣而止。首鼠两端乎，犹豫一身尔。蛇也两而一，相牵无穷已。混心腹肾肠，各口颊唇齿。毕生难共趋，终朝不离咫。屈伸非自甘，左右何能以。岂不各努力，努力徒萦累。杀一诚便一，一杀一亦死。并存终奈何，听之造物理。中国自古相传见到两头蛇者必死，春秋楚人孙叔敖幼时即尝见而杀埋之，以免他人再见，并奔向其母泣别，惟未死。诗中所形容两头蛇在决定行止时“ 首鼠两端”的矛盾与挣扎，很可以做为当时许多奉教士人徘徊在天、儒之间的适切写照。孙氏稍后在吴桥之变被叛军俘虏时，即曾以违反教规的方式企图自刎以守节。
明清许多奉教士人或许就像前述的两头蛇，虽然身具多样的强势基因，甚至学会西方传来之先进天算或火炮知识，但在糅合的过程中，自体却也很容易出现严重的矛盾与冲突(如违反“十诫”的规定，娶妾以传宗或自杀以殉国)，有些人的后代甚至不再入教，而选择回归中国士大夫的传统生活方式。其中涉及瞿汝夔和王徵的两章，即围绕在此两家族相当特殊的婚姻状况，以探索中、欧两文明间的异同。而这两个十分突出的个案研究，应也可对现今颇受学界关注的性别议题，提供一些深具意义的切人点。
本书中有最多篇幅讨论山西绛州韩霖家族奉教、扬教的过程，及其在后世所引发的反弹。此不仅因为先前相关的研究不多，且因韩氏的生平事迹很可以勾勒出天主教近代在中国的发展脉络。韩霖因年轻时随经商的父亲四处游历，而得以成为徐光启和何乔远的门生，并结交东林和复社等名士。他凭借家族的经济能力和人脉关系，协助耶稣会士在山西开教，甚至利用地方官宣讲圣谕的良机，刊传融人天主教义理的《铎书》，并巧妙地将这本融合天、儒的书裹上官方色彩，试图达到当代天主教人士所追求之“合儒”和“补儒”的目标。韩霖的努力令绛州得以在明清之际成为全中国最蓬勃的天主教教区之一，但同时也引发反教人士积极且长期的对抗。笔者因此尝试拉长时间的纵深，探索两个多世纪间天主教在绛州生根、没落与再起的过程，并析究其如何受到外在大环境的牵动。
除了天主教与教外人士间的正反面互动之外，教中之人对“礼仪问题” 的争执，也是影响明末清初天主教在华发展极其深远的事件。但先前的研究焦点多集中于不同传教会之间的冲突，而较少着墨在中国教徒的反应，故书中也以两章的篇幅尝试对这些“被忽略的声音”进行初步的介绍与探讨。
笔者同时希望透过此书能对史学界的学风提出一些逆耳的反省。我们在今日的许多史学出版物中，屡屡可见一些学者不从先前的研究出发，而只是径自摘抄原典，却又不曾积极扩充新材料，或尝试较深入地疏理史料，以提出更合理且具创见的新结论。这些作者有意避谈己文与前人研究间的异同，而某些编辑和审稿者对此一现象的漠视与容忍，更已到了令人难以想象的程度。亦即，在史学期刊中许多后出的论述常不能显现该课题最高的研究水平，此与科学界的情形大相径庭。
如以永历朝派遣耶稣会士卜弥格赴欧一事为例，百余年来对其所携去之数件官式文书的介绍，不断出现在天主教史的论著当中，但待解之处并不明显减少，甚至在摘引文句时都还一直无法做到字字正确，遑论具体提升相关研究的层次！
现今从事中国史研究的学者，若考量地域的限制以及社群互动的情形，大致可分成中国大陆、中国台湾、美加、欧洲和日本等五大区块。由于各区块均已建立各自的学术传承体系与论文发表渠道，且分别使用简繁体中文、英文、法文和日文等不同语文，以致严重缺乏互动。亦即，许多中国史的研究者仍处于或安于闭关自守的状态。我们常可在某些公私场合听到有学者抱怨其研究结果遭到同行忽视，也许有人会将其归咎于资讯的隔阂或语文的障碍，但即使没有此类困难，此一颇令人难堪的现象或许仍旧明显存在。先前学界极少公开讨论或承认这个事实，但我们实在需要寻求更多的共识并投入更大的努力，以导正目前的学风。
此外，先前许多学者对中文文献的处理，往往仅加以摘引、陈述和编排，对资料本身常缺乏深入的析探，以致多只能解读文字的表面意义，而无法萃取出掩覆在表层之下的丰富讯息。且当不同文献中的说法出现矛盾时，也常不能“传信存疑，以别史料”，并透过严整的逻辑推理法则去觅求较合理的解释。事实上，现今许多中国史的论著仍不脱“剪刀加糨糊再裱褙”的平面展示模式，而未能呈现人、地、时、物所交错出之多度空间的纵深。
七十多年前，学贯中西、兼通文理的傅斯年(1896—1950)先生创立中央研究院历史语言研究所，他大力提倡以科学方法治史，并揭举“史学便是史料学”的大旗。然而，以傅氏为代表的史料学派(又名新考据学派或科学史学派)，无可否认地尚未能令中国史学界的治学方法普遍发生质变，此因新史料的开拓及其内涵的精炼往往门槛颇高，故该学派很难以具体的案例持续且强有力地进行面的开展，并与其他的研究传统明显区隔开来。
但随着出版业的蓬勃以及图书馆的现代化，再加上网际网路和电子资料库的普及，新一代的史学工作者常拥有博闻强识的前辈学者们梦寐以求的环境。我们有机会在很短时间内就掌握前人未曾寓目的材料，并填补探索历史细节时的许多隙缝，或透过逻辑推理的布局，迅速论断先前待考的疑惑或矛盾。事实上，一个有机会孕育“e-考据学派”的时代或已出现！
此故，本书所提及的许多与天主教人华史事相关的人物，虽然大多被收入叶德禄主编、陈垣等撰的《天主教史论丛》(1943)，或方豪所撰的《中国天主教史人物传》(1967—1973)中，但我们现在对这些人生平事迹的了解，应已可自数十年前的水平，跃升至一新的层次，甚至亦能发掘出如成启元和许乐善等先前不被学界熟知的奉教官绅。然而，如果我们无法在扎实的传统史学基础上，进一步运用资讯工具以强化梳理和钻研史料的能力，而仍旧安于文献的摘引、复述与排比，或将愧对科技进展所赋予这一代史学工作者的特殊条件。
此外，海峡两岸史学界的研究范畴，往往自我设限，未能积极摆脱人为的政治界限，并尝试跨越知识分科的藩篱。故在课题恰当或材料允许的情形下，我们或许也应该多尝试将视野拉出传统中国史的格局，并积极在国际史学的主流中争取该有的发言权。语多逾格，情则剀切，知我、罪我，开创史学新局应是我们共同的责任。
最后，我要感谢“中央研究院”的李亦园院士、何丙郁院士、邢义田教授、杨翠华教授，新竹清华大学的陈良佐教授、徐光台教授，台湾大学的古伟瀛教授，香港中文大学的朱鸿林教授，北京清华大学的葛兆光教授、张国刚教授，法国国家科研中心(CNRS)的林力娜(Kadne Chcmla)教授，澳洲Macquarie。大学的叶晓青教授，以及许多无法在此一一列名的前辈和友人，他们在我转行进入史学的过程中，适时给予许多鼓励和启发。尤其，清大的沈前校长君山教授是我初学天文时的启蒙师，多年来他对我在治学和做人各方面的教导，是我一直感怀在心的；他在二度中风的前一日帮我题了书首的字，希望自己未来能努力不负沈师的期勉。此外，我也要对新竹清华大学图书馆、台北“中央研究院”傅斯年图书馆、“国家图书馆”以及荷兰莱顿(Leiden)大学汉学院图书馆表达诚挚的谢意，他们的丰富搜藏和馆员们所提供的专业服务，让我得以顺利完成此一研究。当然，本书中所有可能的错误，仍将是由我自负文责。
借此简体字版出书之便，笔者已将原在台湾清华大学出版社所出繁体字版(2005)之讹误订正，两版的差异可参见本人的个人网站。
书于新竹风城脉望斋寓所
