明清之际的中西文化交流史是一个热门课题，中外学者论著颇多。就西学东渐这个方面而言，以往的研究著作最多的关注是传教史以及与此相关的西方科技和物质文明对中国的影响，比如数学、物理、天文等科学的传入，西洋的测量仪器、钟表火炮的传入；其次也很关注西方建筑艺术、绘画艺术（透视法之类）的传入及其影响。这些领域的研究不仅有历史学者在做，更有科技史和美术史研究者在做。
明清之际西学东渐，在科技和文艺层面是争议最少的领域。连康熙皇帝都对西方科技青眼相加，何况其他士大夫。钟表仪器火炮之属大多服务于宫廷和国家，引进吸收，即使并非毫无分歧，但是像“历狱”一案那样演变成政治事件者，毕竟属于例外。
其实，东西文明的碰撞在中国这一侧，主要表现在思想和宗教层面。关于此一时期西方宗教思想对中国之影响的研究，就迄今发表的一些作品看，或从思想层面讨论西学与佛学的冲突，或从哲学层面讨论晚明儒学思想的变化。但是，士人才是思想和宗教的承载体，对于士人如何感受到中西不同文化的冲击，尤其是对于西学给明清之际奉教人士的思想和生活带来的困扰，却鲜有研究，即使有少数论文涉及于此，也未见深入，或者仅仅停留在明末三大士（徐光启、李之藻、杨廷筠）的一般讨论上。台湾新竹清华大学历史研究所黄一农教授最近出版的《两头蛇———明末清初的第一代天主教徒》（台湾新竹，清华大学出版社，2005年9月；上海古籍出版社，2006年6月）则以丰富精彩的内容和引人入胜的文字弥补了这一缺失，成为一部具有开创意义的力作。
“两头蛇”为明末著名天主教徒孙元化所亲见，并因此撰就一诗曰：“吾闻两头蛇，其怪不可弭……首鼠两端乎，犹豫一身尔。蛇也两而一，相牵无穷已。”孙元化官至登莱巡抚，写此诗后不久，曾因吴桥兵变而企图以违反天主教教规的方式自刎，以坚守儒家的名节。入教受洗而违反教规，身为儒生而不能从容地坚守名节，这就是两头蛇的困境！也许不待重大考验来临，孙元化就已经感受到了夹缝中的尴尬，所写两头蛇诗就有自况的味道（诗中有“以我行藏似”之句）。黄一农的著作以两头蛇“首鼠两端”、“犹豫一身”的怪状形容明末清初第一代天主教徒的两难困境。无论是因为他们选择天主教的初衷即为融和儒耶，还是因为入教后身处中国传统文化的汪洋大海而不能自拔，都注定了明清奉行天主教的士大夫会碰到一些特殊的难题，其在文化冲突中的艰难抉择是我们今日难以想象的。
比如，奉教士大夫经常碰到的一个问题是纳妾的问题。天主教“首禁二色”，明朝虽然在法律上对纳妾有所约束，但形同具文，清朝更是放弃了这种限定。于是，究竟是服从上帝，还是要纳妾以接续香火，成为明末士人王徵遇到的重大难题。
王徵（1571-1644）是最早学习拉丁文的中国士人之一，曾经帮助金尼阁刊行拉汉字典《西儒耳目资》。王徵于天启二年五十二岁时登进士第，恰在此前一年入教，深信此乃“天主之赐”。由于原配尚氏所生诸男尽夭，膝下无儿，家族的压力和妻女的劝谏，使他被迫纳年方十五岁的申氏为妾。纳妾的行为严重违反天主教“十诫”，王徵自知罪孽深重，多次请金尼阁等神父为之解罪，均被严词拒绝：“非去犯罪之端，罪难解也。”此后王徵便生活在自责的矛盾心情中。崇祯九年十二月，年已六十六岁的王徵下决心要解决他的婚姻问题，乃与妾申氏断绝婚姻关系，并撰写《乞请解罪启稿》请求宽恕。类似王徵的士大夫还有不少。根据黄一农对明末清初十二位曾奉教士人的统计，除了许乐善、徐光启、孙元化和魏学濂之外，其余八人都曾经纳妾。杨廷筠、李之藻和韩霖选择出妾以入教；瞿汝夔待将妾扶正后受洗；张赓和王徵则在受洗后娶妾，瞿式耜和金声更因传嗣纳妾而最终选择出教。
明清鼎革之际，一些奉教士人在面对应否殉节时，也与其天主教信仰发生冲突。例如王徵曾被李自成北京政权征入为官，王徵绝粒而死，这是违反天主教规的行为，因为天主教十诫中第五戒为反对杀人，也不许自杀。另外一位天主教徒魏学濂则于北京城破后投款降闯，因其父大中乃社会上极受人尊崇的东林党忠臣，故其失节行为大受清议挞伐。李自成自北京败退后，学濂的下落竟然成谜，有说自杀殉难的，有说隐居埋名的，前者合乎儒家的逻辑，后者则无违于天主教的戒条，这样两极的观点，与后世对学濂晚节的评价一样，往往因对西学、西教的态度不同而泾渭分明。本书《忠节牌坊与十字架：魏学濂其人其事考》一章则从同情了解的心态出发，予以条分缕析，试图还原历史的真相，可谓知世论人，故余英时先生谓其合乎史家之史德。
类似的命运还见于一位乡绅人物———山西绛州人韩霖。韩霖曾从徐光启学习炮学和兵法，虽然科场失意但家境富裕。大约是在山西开教的艾儒略和金尼阁为韩霖及其家人施洗的。作为乡绅，韩霖在地方上有很好的人脉关系，曾经受绛州知州孙顺之托撰成《铎书》，以演绎明太祖之《圣谕六言》。他利用此一良机撰成的《铎书》，不着痕迹地于乡约宣导中融入天主教的教义。韩霖一家以其雄厚的财力在地方上多有义举，闯军起事时，韩霖曾组织民兵保卫乡里，及见明朝大势已去，韩霖乃降闯，被授大顺政权的“参谋”。此举有悖于儒家价值观念，故绛州地方志为贤者讳，于韩霖降闯之事隐削不书。咸、同之际，反教情绪高涨，韩霖或因是天主教在当地发展史上的首要人物，即有人忿而将乾隆本方志中涉及韩霖的e"处记载加以改删。本书“鼎革世变中的天主教徒”、“《铎书》：裹上官方色彩的天主教乡约”两章对此进行了细致深入的讨论，不仅揭示出明清第一代天主教徒的“两头蛇”命运，也折射出西教在明清社会所遭遇的复杂困境。
从以上略举的一些事例可以看出，黄一农的《两头蛇》挖掘出了许多鲜为人知的历史人物的“隐私”，为我们展现了一幅新奇的历史画卷。不管西方挑起的礼仪之争如何发展，在中国奉教士大夫心灵和生活世界中，始终都在经历着一场文化冲突的煎熬。
《两头蛇》不仅在内容上于许多史实有独到的发明，而且在研究方法、写作手法上也有诸多创新之处。全书十三章。除了首尾两章比较多的背景铺垫、归纳概括外，其余各章大都主要以人物为中心进行考察。注重各个当事人的人脉关系和社会网络，始终把人及其内心世界的冲突作为探讨的重心所在，是《两头蛇》的一大特色。
黄一农教授是一个讲故事的高手，笔下的文字饱蘸感情。其论瞿汝夔家难的故事，谓瞿汝夔是利玛窦最亲近的教友，曾经帮助利玛窦制订弃佛亲儒的传教策略。瞿汝夔之所以皈依天主教的原因，在于他年青时因为叔嫂通问之奸而落魄之际，意外地结识了利玛窦。天主教告诉信教者说：“无论十恶不善，朝皈依而夕登天堂”。这样一种宽宏慷慨的西来宗教被瞿汝夔当作了洗刷自己心灵的救命药方，终至成为利玛窦传教的干城之倚。此为黄氏的又一发明。
其论述王徵之妾申氏命运，谓当初申氏十五岁时以妾的身份嫁给王徵，本来是担负着为王家生子，接续家族香火之任。天主教徒王徵为奉教而离异之，申氏悲惨地在王家毫无名分地虚度青春，二十年间僻居在鲁桥镇王家大院的一间小屋，默默承受中欧文化所产生之冲突。明清鼎革之际，王徵绝粒殉国之后，申氏本欲寻短见，只因受病重中的主母尚氏之请，鞠养王徵过继的儿孙。申氏的名分似乎得到承认，但是代价却是此后三十五年间的含辛茹苦。当申氏将两个孙子（儿子此前已死）拉扯成人后，却以七十高龄不食而死。申氏行为的壮烈与内心的凄苦，“闻之令人动容”。又，其论魏学濂与阉党阮大铖一生的恩怨，谓最后阮大铖所训家伶，竟然在与魏学濂同为复社同志的冒襄家担纲主唱，作者颇生感慨地写道：“明清鼎革之变对中国社会的冲击，虽有形容为天崩地解者，但戏台依旧伫立。戏梦人生，真真幻幻。这些伶人在演唱《燕子笺》或《清忠谱》等剧的同时，或也冷眼看尽政坛的险恶以及戏台下众士大夫的百态。”
前新竹清华大学校长、著名物理学家沈君山教授夸赞该书“雅俗咸宜、别出蹊径”。所谓“雅俗共赏”应该就是称赞该书引人入胜的人性化写作方式，作为学术著作既得其雅正之品质，又不失其通俗的魅力，用以评价该书在内容上、文字上和研究方法上的创新，是十分允当的。历史是“人”的历史，如果我们的历史著
作能够有更多的人情味，则不仅仅是增加了历史书的可读性，更重要的是能够更好地体现历史学的价值和真谛。让广大的历史家之外的读书人也能够读，喜欢读。黄一农的《两头蛇》在这方面堪称典范。
《两头蛇》一书在写作目的上就有方法论的诉求，尤其是作者一再提出的“e考据时代”的概念，在本书中表现非常突出。一农认为电子技术的发展和因特网的普及对历史学研究产生了革命性的影响，作为现代的历史工作者，必须要学会熟练使用各种数据库及其他网络工具，以最快的速度、最高的精度收集资料进行研究，而不是继续沿袭传统的考证方式。他认为大量典籍被整理成电子资料，为学者深入研究提供了极大的便利，作者在瞿汝夔家族人脉关系的考证中就提到数据库的使用方法技巧等问题。
应该说，本书在具体考证上依然是使用非常传统的e考据方法，并且表现了作者非凡的学术功力和独到眼力。一农所强调的“e考据时代”区别于传统e考据学在于，现代检索手段给史学研究提供了非常不一样的天地，通过电子资料库和正确的检索方法，e时代的历史工作者可以做到很多传统时代做不到的事。诚然，“e考据”是搜集材料的一个现代手段，但是这个现代手段是以传统史学的积累为基础，以对现代技术的掌握为前提的，而只有两种能力兼备，才能够在e时代进行e考据，并取得相当的成果。一农强调e时代的来临，是因为目前大多数的学者还不能意识到电子技术等对史学研究的影响，而这种影响又是极其深远的缘故吧！
运用e考据，还涉及到研究课题的拓展问题。本书所研究的诸人物，作者特别重视人际关系的考察。一农总是强调“有感情的历史”，也就是有血有肉的历史，所以他在写作的时候总是关注到制度的层面之后那个人的层面、具体运作的层面。中国传统社会的运作模式恰恰需要这种研究思路。因此，在对传统社会的事件进行关注时，要关注到事件本身之外的人物关系、人物心态。这种做历史的
方法在传统研究方式下几乎是不可能的，因为它需要大量分散的信息，但是e考据时代的搜索技术和大量材料作基础，为在短时间内有效深入梳理历史人物的人脉网络提供可操作性。该书中关于韩霖的一章谈到韩霖如何对《铎书》进行推广，即是这种研究思路的漂亮例证。
最后还要指出的是该书别开生面的“附录”。全书还有44个附录，56幅图表。与一般著作末尾的附录不同（该书末尾附有大事年表、传教士姓名对照表、参考文献和名词索引），该书的""个附录是作者匠心独运的安排。这些附录大都对正文论述有所补充、解释或考证。比如，在论及瞿汝夔与嫂子发生通问之奸时，插入一段“瞿汝稷的外貌”，广引文献考证苦主汝稷五短身材而貌寝，与同父异母的汝夔气宇轩昂颇为不同。又如，“明代社会有关娶妾的规定”是理解正文中关于士大夫出身的天主教徒娶妾问题的必要背景资料，且超越该题材先前的研究水平。
此外，作者还在这些无所不包的附录中展现了自己观察问题的角度、思路，谈到了很多研究方法和研究心得，也将一些正文中难以布局的考证结果、背景知识等单独列出，不仅呈现作者的研究功力，并可提供年轻治史者绝佳的学习指引，使该书在严谨的学术论著风格之外，还具有提供方法指导的意义。这些创举都是在其他学术著作中见不到的。
