棉花生产的主产品是皮棉，副产品为棉籽、棉秆等。每生产100公斤皮棉可收获170公斤棉籽、400公斤棉秆。
棉籽重量的60%左右是棉仁，4O%左右是棉籽壳和棉短绒。棉仁中的主要成分是油脂和蛋白质。每吨棉籽可产约168公斤棉籽油、532公斤棉饼粕、188公斤棉籽壳和79公斤短绒。每种棉副产品加工增值的潜力非常大，一般十几倍甚至几十倍。如1吨棉粕1300元，深加工成肌醇后可升值40多倍；每吨500元左右的棉油下脚料，深加工生产化工原料脂肪酸，可以增值到每吨4800～6500元。
开发生物质能源涉及农村发展、能源开发、环境保护、资源保护、国家安全和生态平衡等诸多利益。棉花秸秆是能源转化的理想资源，按全疆2007年种植面积和产量，仅棉花秸秆收购按每亩30元计算，棉农每年可增加收入8亿元，平均每个棉户收入900多元。每吨棉秆原料经炭化加工可产木炭300公斤、木焦油24公斤、木醋液220公斤，其生产成本仅为500元；而木炭可达2200元／吨，木焦油为2800元／吨，木醋液为1600元／吨。按保守计算，如加工处理100万吨棉花秸秆，产值可达10亿多元。以处理500万吨棉秆（占总量43%）计算，相当于节约250万吨标准煤。由此可见，开发利用新疆的棉花秸秆，将给棉花种植区带来巨大的经济效益，并形成新的产业，不仅可为发展具有新疆优势资源的生物质能源事业创造有益的环境，同时可解决数万个农村劳动力就业。
新疆棉副产品资源丰富，以2007年皮棉产量290万吨计算，棉副产品合计为1653万吨，其中棉籽493万吨，约可产棉籽油82.8万吨（除食用外，可将质量较差的或下脚料加工成生物柴油）、棉籽壳92.7万吨、棉饼粕262.2万吨、棉短绒38.9万吨。目前加工利用率很低，不用说与国际先进水平相比，即使与山东、江苏等兄弟省相比，也有较大差距。如江苏，棉短绒大约20-30%用作造纸、化纤等工业原料；棉油80%用作食用油，20%用作工业用油；棉油皂脚20%～30%生产脂肪酸，其余外调；棉饼8%～10%作饲料，其余外调；棉壳2.8%生产糠醛，部分作饲料和食用菌、药用菌培养基；棉秆部分用来制造纤维板和造纸，其余作燃料。
目前全疆棉短绒大约5%用作造纸、化纤等工业原料；棉油20%作食用油，其余外调；棉饼粕25%用作饲料，30%用作肥料，其余外调；棉壳60%用作饲料，10%用作食用菌培养基，其余作燃料；棉壳60%用作饲料，10%用作食用菌培养基，其余作燃料；棉秆30%作饲料，其余大部分秸秆还田和作燃料。
由此可见，新疆棉副产品综合利用程度还相当低，需加大力度研究和开发。必须把棉副产品利用开发作为棉产业经济链的重要环节，下大功夫，加强技术引进与开发研究，完善产业化的运作体系，大力开发利用棉副产品，用足用好国家和自治区招商引资相关支持政策和资金，积极引进国内外大型棉副产品深加工企业到新疆投资建厂，增强新疆棉花加工转化能力，既使棉产品效益增值，又可向农民返还利益，增加农民收入。
