西方基督徒在宗教上的褊狭和愚昧更表现在因思想抵捂而杀人上。这在方面，宗教裁判所扮演了一个极不光彩的角色：“根据西班牙历史学家、宗教裁判所前秘书长胡安·安东尼奥·略伦特神父的披露，西班牙宗教裁判所在三百五十年（15世纪下半叶，西班牙建立起统一的宗教裁判所及其执行机构‘神圣兄弟会’，迫害异教、异端）中， 活活烧死了三万一千九百一十二人，模拟烧死（即烧死在刑讯中被折磨死的人）一万七千六百五十九人，判处其他各种惩罚二十九万一千四百五十人，共计三十四万一千零二十一人。此一黑暗机构直到19世纪中叶才被废除。”（索飒，《在堂吉诃德的甲胄之后[上]》，《读书》2005年第5期，第8页）这只是发生在西班牙的事。历史上，其他地方的基督徒用同样残酷的手段对付异端，而且也并在不乎“异端分子”是改宗后的穆斯林还是本来就是基督徒的人。最臭名昭著的例子有13世纪欧洲十字军对法国南部阿尔比教派的残酷镇压（注意，这不是侵略阿拉伯东方的十字军，而是对付欧洲基督教同胞的十字军）{链接a}，16世纪日内瓦新教神权国家在火刑柱上烧死以三位一体为谬误的启蒙神学家塞尔维特（塞尔维特也是发现人体血液循环的第一人），以及法国天主教徒大规模屠杀胡格诺的圣巴托罗缪惨案。{链接b}
{链接a} 圣巴托罗缪日大屠杀
“圣巴托罗缪日大屠杀”是欧洲历史上因宗教观点不同而发生的一次惨绝人寰的事件。宗教改革运动1517年在德国兴起后，很快波及到法国，产生了极大影响，大量法国人成为新教徒。这引起了天主教当局的恐慌。他们不断怂恿法国国王和朝臣采取行动，镇压新教徒。1572年8月24日圣巴塞罗缪日，在没有任何警示的情况下，法国士兵、教士和暴徒开始对毫无准备、手无寸铁的新教徒（包括妇女儿童）进行屠杀。杀戮行动从巴黎开始，很快漫延到其他地方，一周内，约十万新教徒被杀。一时间，整个法国血流成河，尸积如山。河流中的尸体如此之多，以至于数十个月以后，河里的鱼仍然没有人吃；在鲁瓦尔山的谷中，狼群现在无需辛苦捕食，只需溜出深山，便可尽情享用谷中的尸体。更恶劣的是，消息传到梵蒂冈后，教皇当局竟鸣钟放炮以示庆祝；教皇格里高利十三世（1572 － 1585）竟委约意大利画家瓦萨里画了一副关于大屠杀的壁画，该画至今仍然挂在梵蒂冈，并铸造特殊钱币纪念大屠杀。
{链接b} 十字军对阿尔比教派的镇压
阿尔比派以中世纪法国南部城市阿尔比为活动中心，因之得名。该教派亦称“清洁派”，于11至12世纪盛行于法国南部和意大利北部地区，主张善恶二元论，反对基督教教阶制度和圣事，谴责教会聚敛财富，斥责教皇为魔鬼，主张独身和素食。13世纪初，阿尔比派遭到教皇英诺森三世与法国国王率领的十字军的残酷镇压。1208年，教皇英诺森三世下令剿灭阿尔比地区的异端分子。在欧洲历史上，这场因宗教观点不同而发动的十字军战争以极残酷、惨烈而臭名昭著。十字军攻占阿尔比地区一个小镇又一个小镇，并对那里的人们不分青红皂白、男女老幼，一律剿灭。许多修士参与了十字军的军事行动，彼此之间以血腥、凶残相标榜。1209年7月22日，十字军占伯齐尔镇后，有人问阿诺德修士如何区分忠诚的教徒和异端分子，此人回答：全部杀掉，上帝自有法眼。
