对于钱学森人们较多想到的是一位睿智、无私、长寿的大科学家，是规划实施国防科学技术重大发展的出色帅才。钱学森在应用力学、工程控制论、系统科学和航空航天技术等多个领域取得丰硕成就，国务院、中央军委授予他“国家杰出贡献科学家”荣誉称号。在学术界则许多人还知道他也是一位有着许多独到见解和巨大学术影响力的思想家，在系统科学领域留下了宝贵思想财富。他倡导从系统、要素、环境三者的相互关系来把握研究对象的本质和变化规律，进而促进各个门类科学和工程技术的发展。
自古以来人类把握对客观世界认知的基本方法可以归类于还原论和整体论二种。还原论认为客观世界的本质在于简单性，复杂的认知对象可以分解还原为较基础层次的简单对象来处理和理解。多数情况下人们倾向于采用还原论方法，认为其依据事实和逻辑关系寻根究底，所得到的结论便于理解也比较可靠。但是还原的过程进行到一定的层次必然受阻，这是由于宇宙中并不客观存在最小最简单之要素，不可能将实际事物还原为这些“宇宙之砖”的各种叠加。人类主观的理性思维离不开抽象，即从具体事物中概括出代表着其本质属性的概念及概念间的相互关系，同时舍弃其他非本质的属性及关系。还原论认知的世界正是由这种抽象模型构成，这显然并不是错综复杂的真实客观世界。人类至多只能如牛顿和爱因斯坦那样，用很高明简洁的抽象模型来解释客观世界中某一类事物在一定范围内的本质和变化。
整体论主张复杂对象不能割裂或分开来理解，因此只是试图了解其主要的整体功能，对为什么有这些功能并不过分操心。但事实上整体论总是只能进行一些初步的研究，一旦深入下去就必须使用还原论的方法。例如哥白尼从太阳系整体运动的视角提出了日心说，而具体计算预测日食月食仍然要将太阳、地球和月球简化为万有引力作用下的质点系。
上述还原论和整体论二者都存在着令人无奈之局限性，从哲学认识论的角度看这种状况反映了人类与客观世界间的本质关系，即人永远不能成为全知全能的神、但是永远可以借助于理性思维深化对客观世界的认知。系统论的提出和完善就是在此基础上认知进一步深化的重要标志。此前的还原论以单项因果关系推演认识对象的整体功能和变化规律，而整体论把认识对象当做黑箱仅仅研究其输入输出间的关系。系统论则是把所研究对象视为一个系统，从系统、要素、环境三者的相互关系及系统内各个子系统间的关系，把握研究对象的本质和变化。
钱学森在中青年时期主要是一位睿智而严谨的自然科学家，在应用力学、喷气推进以及火箭导弹研究方面成就卓著。在针对一系列复杂系统的研究过程中，他逐渐体会到系统的观念和系统的角度，对于认知复杂事物可以发挥至关重要的作用。1954年完成的专著《工程控制论》是钱学森经由系统科学研究走向思想家的重要起点。工程控制论研究的并不是物质运动本身，而是构成复杂事物的各个系统、系统间的相互关系和如何控制系统使其具有人们所期待的功能。1955年钱学森回国后的前20多年，他主持规划实施了新中国宏大的航天系统工程，开创了对一系列大规模科学技术工程进行系统管理的范例，也为建立系统科学的思想理论体系奠定了厚实的实践基础。
上世纪80年代初钱学森从国防科研一线领导岗位退下来之后，就把全部精力投入到建立和完善系统科学的体系中。90年代初钱学森提出了“开放的复杂巨系统”的概念，进而提出了分析处理此类系统的方法—“从定性到定量综合集成方法”，和分析处理此类系统的群策群力实践运作体系—“从定性到定量综合集成研讨厅体系”。这些都是钱学森在思想认知的科学方法论领域中具有里程碑意义的贡献。此后钱学森将综合集成方法贯穿于工程、技术、科学直到哲学的不同层次上，形成了一套包含思想、理论、方法与技术的综合集成体系。大大促进了系统科学的发展，同时对自然科学、社会科学等其他门类的认知产生了深刻影响。在半个多世纪的探索中作为思想家的钱学森的突出贡献主要在于以下三个方面。
首先是从系统的角度对各门科学之间本质关系进行审视。钱学森主张科学体系中的门类学科之分不是源于研究对象之不同，而源于研究视角之不同。作为人类认知工具和认知成果的科学体系也是一个复杂系统，其中的系统科学的独特作用在于横跨自然科学、社会科学、哲学等各个领域，发挥交叉融通、深化认知之作用。钱学森对每一具体学科划分出相互促进补充的基础科学、技术科学和工程科学三个层次。分析这种普适性的纵向关系有利于明确各个具体学科的发展薄弱层次，进而寻找出新的突破口。
第二是针对复杂工程技术问题提出了超越还原论和整体论的研究路线。这就是将系统分解后运用定性定量相结合的综合集成方法处理，实现一加一大于二的飞跃，最终从整体上解决复杂系统问题。钱学森指出“综合集成，即辩证统一”，经过碰撞融合实现从局部到整体、从微观到宏观、从感性到理性、从定性到定量的辩证转化。
第三是提出了综合集成研讨厅形式的运作体系，使各方面专家的理论、知识、经验以及古今中外的相关信息、情报、数据，与计算机技术结合。进而达到如他所说的“集大成，得智慧”，大幅度提升观察解决复杂系统问题的能力，更好更快地提出解决复杂系统问题的科学有效方案。自上世纪90年代各个相关单位以综合集成研讨厅方式开展理论研究和应用研究，获得过多个国家级科研基金的大力支持。在军事、医学、水利、地理、经济、管理等许多领域取得了一系列重要研究成果。
钱学森由科学家成为思想家既有外部因素，也有自身因素。新中国成立后各种政治运动和极端思想的冲击干扰长期不断。与钱学森同代的知识分子群体成为资产阶级右派和反动学术权威的主要载体，而比其年轻二、三十岁的学生一代知识分子群体，则整体上被认为长期接受修正主义教育路线的培养，需要在艰苦的基层工作中接受再教育。几代知识分子长期处于被批判和不断的自我否定之中。钱学森持续的学术思考得以避开这些冲击的外部因素，主要是他作为知名爱国科学家一直担任着国防科学技术的关键性组织领导工作，在政治上受到周恩来、聂荣臻等老一辈革命家的保护。钱学森成为思想家的自身因素则与其丰富多彩的人生经历有关。钱学森在旧中国接受二十多年教育，又到美国学习工作了二十年，此后的五十多年则完全奉献给了新中国。他亲身长时间体验了旧中国的风雨如晦、美国的强盛和霸权、新中国的挫折和崛起。他经过不同社会制度间和不同文化传统间的大跨度多元比较建立起的政治信仰，不会因社会现实的曲折坎坷而随波逐流。因此数十年来他可以做到：认真学习研究马克思主义哲学和毛泽东思想，但不采用“学语录、讲体会、化行动”的简单模式；他研究人体特异功能和特异思维，但远离封建迷信；他直视并研究中国社会的各种缺陷，但不会以偏概主张全盘西化或持民粹主义观点。近百年丰富传奇的人生经历使他在思想的天空遨游时，达到了“从心所欲不逾矩”的境界。
钱学森留下的这笔思想财富的价值，首先在于再次表明自然科学的理性思维方法对从哲学角度深化人类思想认知具有重要意义。与认识人类社会比较，认识自然界具有便于实验验证、较少为权威左右和较少受到利益集团博弈干扰的相对优势。人类历史上的自然科学大家，在长期进行求是、求实的严密科学思索之同时，许多都成了思想家。21世纪来临前夕，英国广播公司在全球范围进行“千年思想家”网上评选。得票最高的是马克思，其后第二、三、四、六、八、九名分别是爱因斯坦、牛顿、达尔文、霍金、笛卡尔和麦克斯韦尔等自然科学家兼思想家。人类社会发展史中继文艺复兴之后的启蒙运动，正是以对自然界的认识取得重大突破的科学革命为背景，借助自然科学的理性思维和批判精神，重新审视和评价人类社会的各种重要关系，形成了世界近现代史之开端。自此人类认识的深化可以不再依赖上帝和教会的密切介入，人们运用自己的理性加实践就有可能获得关于世界较为确定而正确的知识。在此基础上只经过一、二百年，社会科学领域就迅速建构形成了人权、民主、自由、平等、公正等核心观念和社会契约理论、权力制约理论、马克思主义理论等重要思想认识成果。
钱学森作为思想家还有一个显著特点，就是坚持追求真理重于掌握真理，成功不必在我，从不把自己当作一言九鼎的教父。进入老年后他一再申请七十岁时退休，这个年龄对于国内许多院士来说，正是以权威资格获取重大研究项目和出席各类论证会、鉴定会、评议会酬资不菲的大忙时节。而钱学森这时却谢绝了上述活动转而更加广泛地涉猎新学科、新问题和新发现。2007年出版的十卷本钱学森书信集，收录了他的三千多封书信，内容涉及工程、教育、通信、农业、自动化、心理健康、文学艺术等自然科学和社会科学有关前沿发展的方方面面。通信人上至中央领导下至平民百姓，钱学森都与之进行平等的学术探讨。许多探讨既不是深入的前沿科研，也不是浅出的大众科普，而是事关思想方法、学科分类、发展趋势等问题的更具基础性的哲学思考。
钱学森始终有着年轻的学术心态。对于一些在学术界意见分歧、久无定论的重大问题，他本着对真理的执着追求也勇于探讨。由于心底无私也就有时嘴无遮拦。例如钱学森早在1956年就针对地少人多的国情，提出了基于太阳能转换的粮食亩产数万斤的上限估算。此后几度反复论证思考，直到1993年还在与友人的通信中探讨并坚持自己的观点。又例如在上世纪80年代的人体特异功能热潮中，钱学森寄望于人体特异功能带来科学革命。上述一些过头的认识对于并不掌握着行政大权的思想家而言无伤大雅。至于与之相伴出现的大跃进、法轮功等偏激思潮及其社会后果，则没有理由把账记到钱学森的名下。
以阴阳五行学说为核心的中医药学哲学思维，在数千年治疗人类各种疾病的实践中成就显著。在人类社会对于人体与疾病关系不断深化的认知过程中，中医药学哲学不失为朴素唯物主义和朴素辩证法较为成功的里程碑。但是人类社会认知道路上的任何里程碑都不能作为认知长期停滞不前的驻留之地。中医药学哲学思维中对于一些基本关系之猜测，缺乏科学实验的验证也没有严密的逻辑推理体系。中医药学引经据典重在回头望式的思维中，古代中医药学经典著作中的许多金句验方一直不容置疑，成为中医理解各种疾病数千年不变的基本依据。这种重大缺陷严重妨碍着中医药学在生理、病理和药理等基础性问题上，进行深入的探讨和创新突破。近现代以来西医药学的基础理论却在实证主义和形式逻辑思维引导下不断更新发展，突破了一个又一个古代医药学的重要论断。结果是中医药学在近现代只能长期屈居于对西医药学提供补充的地位，无法成为旗鼓相当的竞争对手，甚至中医药学几度险遭立法淘汰。钱学森对于历史悠久、疗效显著的中医药学，鉴于其基本概念和原理难以用可以严格重复的科学实验定量证实，他没有将中医药学归类于科学技术之中，而是归入实践经验知识库。这样归类并不代表问题解决了，还很可能引起众多中医药学专家院士的非议，但他并没有累于自己的盛名而在思索探讨之路上止步不前。他这种求真路上成功不必在我的执着，还体现在辞世前多次提出了著名的“钱学森之问”：“为什么我们的学校总是培养不出杰出人才？”。
值得指出的是钱学森的系统科学理念、定性定量相结合的综合集成方法和综合集成研讨厅形式的运作体系，用于分析人类社会这个开放的复杂巨系统时，存在着根本性缺陷，即无法纳入人类特有的非理性乃至反理性的思维和行动的影响。究其根本原因在于过高地估计了人类理性思维在改造自然和再造社会中的作用。人类社会中如军国主义、恐怖主义、种族主义、独裁专制、民粹主义等思想和一言堂、一哄而起、替天行道和敢做不敢当等行动，都具有非理性或反理性的本质。对于这些思想和行动用理性思维的系统观念和综合集成方法来与之研讨，只能导致鸡同鸭讲的效果。人类社会要解决此类问题则还是要回归哲学思维，摆正人在客观世界中的位置，既看到理性思维、仁者爱人、无私奉献等人性中“性本善”的一面，也看到反理性思维、弱肉强食、欺世盗名等人性中“性本恶”的一面。人类社会中的善恶之争将永远存在，社会进步永远在试错、找错和纠错的路上。
另外钱学森在提出从定性到定量的综合集成方法时，强调对于复杂问题不能寄希望于完全用定量的方法来解决。要发挥专家的作用，应用专家的智慧、经验来主导解决问题的思路和途径。定量的方法只是用来对专家提出的假定进行分析和计算，最后还需要依靠专家对定量计算的结果进行评判，以确定是否采信分析计算得出的结果。1991年钱学森向中央政治局常委汇报了建立国家总体设计部的设想，他提出用综合集成方法来研究解决中国社会主义建设的重大问题，在多个领域设立开展这项工作的总体设计部。这里有二个重要的问题没有搞清楚。一是对于国家建设和社会再造这样重大复杂的问题，专家与政治家肩负的责任有何不同？二是思考这样重大复杂的问题时，应用形式逻辑思维与辩证逻辑思维有何不同？从定性到定量的综合集成方法用于环境治理、金融管理和产业结构调整等问题上，也许可以收到提升认识改进工作的明显效果。但是对于国家政治体制、外交政策和维稳扶贫等由政治家主导解决的问题，显然依靠相关学科的专家用综合集成方法研究解决并不合理也不现实。此外国家建设和社会再造涉及许多相反相成、多因一果和对立统一的矛盾发展，对此应该在定性到定量的综合集成方法中适当引入辩证逻辑思维，而不能仅仅依靠形式逻辑思维。
钱学森作为思想家的思考重心始终放在“构建思想认识”上。他认为人类认识客观世界的最高概括应该就是马克思主义哲学，他的主要工作是整理和构建从各个门类的科学通向马克思主义哲学的桥梁：即自然科学到马克思主义哲学的桥梁是“自然辩证法”；社会科学到马克思主义哲学的桥梁是“历史唯物主义”；数学科学到马克思主义哲学的桥梁是“数学哲学”；人体科学到马克思主义哲学的桥梁是“人天观”；系统科学到马克思主义哲学的桥梁是“系统论”。钱学森认为构建好这些桥梁就是对发展马克思主义哲学的贡献，这恰恰反映出他对“反思思想认识”作为哲学思维重心的重要性认识不足。
二千多年以来中国的学者群体习惯于在读圣贤书和领袖书的基础上，致力于“修齐治平”式的学习践行。这种传统突出了忍辱负重和自强不息的奋发精神，也容易由于忽视与众不同思维的碰撞而缺失创新精神。思想家钱学森的可贵之处在于不懈地将自然科学追求真相真理的精神，运用于对哲学的与众不同的独立思考探讨之中，为中国大地真正实现万众创新尽心尽力。
笔者在中国科技大学近代力学系上学时钱学森是系主任和任课老师，他在我们学生心中有着高山仰止般的崇高形象。笔者撰写以上一些批评性看法时难免心中忐忑，但是受钱学森一生追求真相真理的爱国精神的感召还是斗胆写了下来。
